Le quai Lezay-Marnésia se situe dans l'Ellipse Insulaire de Strasbourg, entre le quai Saint-Étienne et le quai Schoepfin, le long du canal du Faux Rempart qui forme la séparation entre le quartier allemand et Strasbourg Grande Île. Le quai Lezay-Marnésia relie ses deux quartiers historiques de Strasbourg par le pont Saint-Étienne, la passerelle des Faux Remparts, le pont de la Poste, la passerelle des Juifs et le pont du Théâtre.